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 총회 내 경제적으로 자립하지 못한 교회를 돕기 위한 사업으로 제65회기(1980년)부터 진행된 농어촌부(국내선교부와 통합)의 도시농어촌교회 자매결연 중심의 미자립교역자 생활비 평준화 사업을 연구에서 시작되었다. 재정부 또한 제74회기부터 미자립교회 교역자 최저 생계비 보장에 중점을 두고 연구해 왔다.
제86회 총회에서는 재정부가 그동안 재정통일위원회를 중심으로 미자립교회를 위한 지원금이 각 교회의 형편에 따라 천차만별이어서 이에 대한 평준화가 필요한 상황을 연구하였고, 이에 취지에 따라 청원한 ‘미자립교회교역자생활비 평준화’시행 방안이 결의되었다. 제89회 총회에서 2005년부터 동 사업을 실시하도록 결의되어 사업을 시작하게 되었다. 즉, 총회 재정부를 중심으로 2005년에 ‘총회 미자립교회 교역자 생활비 평준화 사업’이라는 명칭으로 시작된 것이다. 이후 90회 총회에서 특별위원회로 ‘미자립교회 자립화 및 목회자생활비지원대책위원회’가 구성토록 결의되었고 그 실무는 총회 내 기구인 국내선교부와 재무회계실이 맡게 되었다. 2006년부터는 미자립교회 생활비 평준화 뿐만 아니라 교회를 실제적으로 자립시키는 의미를 담아 위원회의 명칭을 ‘총회 교회자립위원회’로 변경하게 되었다.
 그동안의 미비점을 보완하고 미자립교회의 실질적인 실태 조사를 바탕으로 광범한 의견을 수렴하기위한 수차례의 간담회를 지역단위로 개최하였다. 성서적이고 신학적인 토대 마련과 중장기적인 정책을 수립 하여 실시하게 되었다. ‘총회 교회자립위원회’로의 명칭 변경은 정책방향을 검토하는 과정에서 기본적인 정책방향을 교회자립화에 중점을 두고 전개하여야 한다는 의미에서 명칭을 변경한 것이다. 초기에 교역자 생활비 평준화가 사업의 목표였다면, 이제는 경제적 측면에서의 지원뿐만 아니라 지역사회의 빛이요 소금인 교회의 생명을 살리는 차원에서 교회의 자립화를 목표로 하고 있다.
또한 단순히 물질적으로 지원하는교회와 지원받는교회의 구도가 아니고, 주님의 교회를 함께 일으켜 세우는 동역하는 관계로써의 선교적/목회적 협력과 연대로, 개별 지교회 중심에서 노회를 중심으로 정책방향과 과제를 설정하게 되었다.
또한 작은 미자립교회 목회자를 대상으로 훈련프로그램을 도입하여 실시하고 있다. 총회의 생명살리기운동 10년의 연장선상에서 전 총회적 차원에서 노회와 지교회와 협력하고 연대하는 그리스도의 몸 된 교회를 세우기 위한 ‘교회 생명살리기 프로젝트’가 성공리에 진행되었고 이를 확대하여 전 노회가 참여하는 교회자립훈련이 실시되고 있다.
총회의 교회자립사업은 성령님의 인도하심과 함께하심 가운데 하나님의 나라를 소망하는 예수 그리스도의 몸 된 교회를 세워나가기 위한 귀한 운동이다. 전 총회적 차원에서 지역 노회와 지교회가 협력과 연대와 참여를 통해 함께 세우기 위한 생명살리기운동차원의 노력이 결실로 나타나게 되기를 희망한다.
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